熊本学园大学设有商学部(商学科、经营学科、招待经营管理学科、经济学科、国际经济学科、人类工学学科)、外国语学部(英美学科、东亚学科)、社会福祉学部(社会福祉学科、福祉环境学科、儿童家庭福祉学科、生活健康学科)。大学院设有商学研究科(博士后期课程、硕士课程:商学专攻、经营学专攻)、经济学研究科(博士后期课程、硕士课程:经济学专攻)、国际文化研究科(博士后期课程、硕士课程:国际文化专攻)、社会福祉学研究科(博士后期课程、硕士课程:社会福祉学专攻、硕士课程:福祉环境学专攻),会计专门职研究科(会计学专攻)。